El Colegio comenzó su andadura el 10 de marzo de 1948 con 6 niñas. En junio de este mismo año serían ya 13. Se autoriza provisionalmente el 16 de noviembre de 1949 y su aprobación definitiva se da el 28 de febrero de 1951.

Desde siempre se trabajó por la promoción de la mujer. Durante el curso 1950-1951 ya se les ofrecía una hora diaria de iniciación comercial y otra de corte y confección a las niñas del último grado, lo que hoy llamaríamos Formación Profesional.

El Colegio creció dando respuesta y adaptándose a las necesidades de una sociedad en continuo cambio, llegando en el curso 1979-1980 a escolarizar 512 alumnas de Preescolar, EGB y Formación Profesional, en la rama Administrativa y Comercial.

Queriendo dar respuesta a los cambios sociales, en 1987 se implantó la coeducación, admitiendo a los primeros niños.

El barrio envejeció, bajó la natalidad y este hecho afectó a la matrícula en el Centro y en el curso 1993-1994 se impartió el último año de Formación Profesional en el colegio. En 1995 desapareció la EGB. El Departamento de Educación no concedió la implantación de la ESO y, el Centro redujo la matrícula a 161 alumnos/as de Infantil y Primaria. Nuestro alumnado pasó a hacer Secundaria a Salesianos.

En el curso 2002-2003 con el aumento de la natalidad iniciamos la doble línea en Educación Infantil. Cada curso aumentó el número de alumnos/as. Se amplió el número de aulas y se renovaron las instalaciones adaptándolas a las nuevas necesidades.

En junio de 2008 se comenzó la construcción del, tan ansiado y esperado, polideportivo cubierto y el 13 de octubre del 2009 se inauguró el polideportivo con la asistencia de Dª Yolanda Barcina, alcaldesa de la ciudad. Las actividades deportivas, las diversas celebraciones: Navidad, Carnavales, Pascua escolar…las clases de Educación Física y Psicomotricidad, los recreos en días de lluvia ya disponían de un espacio apropiado.

En el año 2011, se firmó en el Departamento de Educación del Gobierno de Navarra  un documento de adscripción al colegio Hijas de Jesús para que nuestro alumnado continuara los estudios de secundaria en este otro colegio.

Nuestro colegio cumple 75 años de desempeño en Pamplona. Hoy, nuestro Centro es un proyecto plurilingüe, integrador y solidario, que hace realidad uno de los mejores legados que nos dejó Santa Rafaela María. “La Pedagogía del Corazón” educar el corazón y desde el corazón.

Nuestro centro pasa a llamarse Santa Rafaela María Pamplona – Iruña en honor a nuestra fundadora.

Este cambio refleja nuestra historia, nuestros valores y el compromiso de seguir creciendo juntos, manteniendo siempre la misma cercanía y dedicación hacia nuestro alumnado y sus familias.